Ειδικότερα, με απόφαση της κυβέρνησης, το Ν.Ι.Μ.Τ.Σ. θα εξυπηρετήσει τις ανάγκες της δημόσιας υγείας από τις 27.3.2020 έως και 24.6.2020. Ας σημειωθεί ότι οι δεσμευόμενες εγκαταστάσεις όλων των θαλάμων και κλινών νοσηλείας είναι δυνατόν να μετατρέπονται, ως προς τη χρήση τους, σε κλίνες Μονάδων Αυξημένης Φροντίδας (Μ.Α.Φ.) ή και σε κλίνες Μονάδων Εντατικής Θεραπείας (Μ.Ε.Θ.).
Με απόφαση του Γενικού Γραμματέα Υπηρεσιών Υγείας ή του αρμοδίως εξουσιοδοτημένου από αυτόν οργάνου καθορίζεται η διαδικασία μεταφοράς των ασθενών που έχουν προσβληθεί από κορωνοϊό COVID-19 σε εγκαταστάσεις, θαλάμους και κλίνες του Ν.Ι.Μ.Τ.Σ. Ομοίως, με απόφαση του Γενικού Γραμματέα Υπηρεσιών Υγείας ή του αρμοδίως εξουσιοδοτημένου από αυτόν οργάνου, εξειδικεύεται η διαδικασία, καθώς και τυχόν αναγκαία συνοδευτικά έγγραφα για την παραπομπή των ασθενών στο Ν.Ι.Μ.Τ.Σ. 4.
Η 1η Υγειονομική Περιφέρεια (Υ.Πε.) αναλαμβάνει την ευθύνη της επιστημονικής και λειτουργικής διαχείρισης του Ν.Ι.Μ.Τ.Σ. Προς τον σκοπό αυτό προβλέπεται ο ορισμός Διοικητή-Συντονιστή της λειτουργίας του Ν.Ι.Μ.Τ.Σ. σε συνεργασία με την 1η Υ.Πε.
Στο Ν.Ι.Μ.Τ.Σ. ορίζεται επιστημονικός υπεύθυνος ιατρός, με τον νόμιμο αναπληρωτή του, ειδικότητας Πνευμονολογίας ή Παθολογίας ως εξής: α) Εάν πρόκειται περί ιατρού με βαθμό Συντονιστή Δ/ντή Κλινικής δημόσιου νοσοκομείου του Ε.Σ.Υ., αυτός ορίζεται με απόφαση του Διοικητή της 1ης Υ.Πε., ενώ εάν πρόκειται περί ιατρού με βαθμό Δ/ντή Κλινικής στρατιωτικού νοσοκομείου, αυτός ορίζεται με κοινή απόφαση του Υπουργού Εθνικής Άμυνας και του Γενικού Γραμματέα Υπηρεσιών Υγείας.
Η 1η Υ.Πε. διαθέτει στο Ν.Ι.Μ.Τ.Σ. το απαιτούμενο προσωπικό και ιατροφαρμακευτικό υλικό, καθώς και τα αυστηρά μέτρα ατομικής προστασίας του προσωπικού για την έναρξη λειτουργίας των θαλάμων νοσηλείας όσων έχουν προσβληθεί από τον κορωνοϊό COVID-19. Με απόφαση του Γενικού Γραμματέα Υπηρεσιών Υγείας δύναται να μετακινείται προσωπικό που εργάζεται με οιαδήποτε σχέση εργασίας στις δομές της 1ης Υ.Πε., για τις ανάγκες λειτουργίας του Ν.Ι.Μ.Τ.Σ.,
Οι ασθενείς δεν επιβαρύνονται με ιατρικές αμοιβές και συμμετοχές επί των νοσηλίων. Η αναγκαία ημερήσια φαρμακευτική αγωγή για ασθενή νοσούντα από κορωνοϊό COVID-19 με συνοδά ή μη νοσήματα, επιβαρύνει τον προϋπολογισμό του Ε.Ο.Π.Υ.Υ. . Τέλος, υπεύθυνος συντονισμού και εποπτείας της διαδικασίας διακομιδής ασθενών από δημόσια νοσοκομεία σε τμήματα νοσηλείας ή και θαλάμους με κλίνες αυξημένης φροντίδας στο Ν.Ι.Μ.Τ.Σ. ορίζεται το Ε.Κ.Α.Β., κατόπιν σχετικής ημερήσιας ενημέρωσής του για τη διαθεσιμότητα των κλινών νοσηλείας και των κλινών αυξημένης φροντίδας, καθώς και για το είδος των υπό διακομιδή νοσηλευτικών περιστατικών.